写论文，你的绘图软件用对了么？

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原文作者：Jeffrey M. Perkel

网页版工具BioRender已经成为了生物医学领域的主流绘图软件。

插图：The Project Twins

和很多研究者一样，Rita Sattler受到的训练是科学研究，不是科学绘图。但论文还是得写——还得配图。所以，当她的团队不得不把研究工作变成期刊文章的时候，Sattler采取了她同事们常用的办法：打开PowerPoint。

微软的这款制作和播放幻灯片的软件是科学绘图中两个常用的软件之一，另一个是Adobe Illustrator。但是Illustrator是专业等级的工具，学习曲线陡得要命，但PowerPoint的长处则是幻灯片而非图像设计。“我不会说得太直白，但真的是……不怎么好看。”Sattler对于成品的图片如此评价道。

2019年，Sattler实验室里的一个研究生推荐了第三种选项。BioRender是一个专门为生命科学和医学绘图设计的网页版工具。它就像是一个轻量版的Illustrator，由加拿大多伦多一家同名的创业公司(BioRender)设计，并于2017年发布。软件里包含了很大的一个生命科学和医学领域可缩放“图标”库；科研人员可以把图标拖到画布上，然后就像是调整圆或者多边形一样调整它们。

对于亚利桑那州巴罗神经学研究所的神经科学家Sattler来说，这个工具允许她快速画出细胞分化路径，而不需从头开始画每个细胞。“所有人都一脸，天呐，真是太棒了。”Sattler说，“我们立刻就用上了，并且从那之后再也没用过其他工具。”

画出来，不用解释

科学上的成功要求有效的沟通，不管是面对审稿人、出资方还是同事。在一个重要的沟通渠道——期刊文章和项目申请——都有页数限制的领域里，一张图的价值远高于一千个字。“如果你想发表研究成果，或是要在项目申请里解释你想做什么，用图片就很重要了，”佛罗里达州梅奥医院的细胞生物学家Wilfried Rossoll说。

和用来详述研究成果的数据图不同，这类图片通常是用来形象地解释模型、实验方法或是生物化学通路的。例如，越来越多的期刊要求研究者的文章里包含图片式摘要——即用来总结论文关键结论的图。

研究者们通常会使用PowerPoint或者Illustrator或是类似的工具画这种图。但这些工具都不是专门给科学家设计的，因此用起来会有些困难。要不是BioRender，用Illustrator“简直烦得我想撞墙”，挪威科技大学的败血症研究者Signe Elisabeth Åsberg回忆起为论文作图的时候说。耶鲁大学的免疫生物学家Akiko Iwasaki对此也有同感。用Illustrator的话，她说，“要花好几天才能画出组织或者细胞分类或是脉管系统。有了BioRender之后，我只需要几分钟就画好了。”

全副武装

这多亏了BioRender提供的大约三万个生命科学的图标，其中包括了解剖图和从SARS-CoV-2病毒到果蝇的各种图样。用户可以缩放、旋转或是改变它们的颜色。但是用户不能改变其本质形象，例如增加或是减少一个蛋白质结构域。这个库还包含一些实验室套件中的特定器件的图标，因此可以用实际使用的设备绘制实验方案。其中绘制出的器件包括了赛默飞世尔科技的Orbitrap Fusion Tribrid质谱仪和牛津纳米孔科技的MinION DNA测序仪。百时美施贵宝的副研究员Beth Kenkel说，这一功能对她在团队中作的报告帮了大忙。“我可以为实验计划快速画出示意图。然后我就可以向同事询问意见：这是正确的设计么？还是需要改点什么？”

研究者们还可以直接使用蛋白质数据库中一些结构的图标。这是一个免费访问的数据库，可以访问蛋白质和核酸的三维结构数据。三月，BioRender公司推出了一套强化版的蛋白质数据库界面，让BioRender可以画出比之前版本更加“像画家画出来的”图片，BioRender的创始人之一，医学插画家Shiz Aoki说。用户还可以向BioRender团队要求增加自定义的图标。例如，Rossoll要求了免疫组织化学分析中处理组织所用到的两件设备的图标。BioRender免费画出了这两个图标，现在所有BioRender用户都可以使用了。“不用谢。”他开玩笑地说。

所有工具排排站

BioRender工具栏里有大量生命科学研究专用的绘画工具，包括预制好的生物化学路径用的线型和箭头形状；质粒图谱（分子生物研究中常用的圆形DNA图示）需要的圆弧工具；以及把质粒膜、脉管系统和核酸画到直线上用的一套新笔刷。

澳大利亚圣文森特学院的蛋白质化学家Andrew Deans十月发表了一篇论文（J. O’Rourke et al. Nucleus 10, 221–230; 2019），其中就用到了BioRender画出来的图片。Deans可以熟练使用Illustrator，但他知道训练新人使用Illustrator很困难。结果，他说，就是学生们“很爱”BioRender，但学生们还是用Illustrator和Adobe Photoshop做出了数据图。团队中的一个擅长徒手绘画的人则是用的Apple Pencil和iPad上Tayasui Sketches这个app画的。

除此以外还有一些其他选项，但没有一个像BioRender这样针对生物学科。Kenkel同时也为非营利性试剂公司Addgene写博客。她说她的博客主要用的是通用的矢量图工具Vectr和一个为社交媒体画图的在线工具Canva。这两个工具都是免费，网页版，并且易于使用，她说，而且“基本上符合我的所有需求”。

俄勒冈大学的海洋学家Ken Hughes用的是Inkscape。这是一个类似于Illustrator的开源软件，其1.0版本于5月1日刚推出。在德克萨斯州大河谷大学研究甲壳生物的生物学家Zen Faulkes喜欢CorelDRAW。这是一个商业工具，他在其上补充了Noun Project的图片，这是一套超过200万张免费图片的图片库。（另一个选项是法国医药公司Servier提供的Servier医学图片集，其中包含了约3000张免费图片。）

根据Aoki的说法，BioRender现在有大约20万用户。它是免费使用的，但是产生的图片上打了水印，输出文档的分辨率和格式也有限制。发布图片需要购买许可（每月35美元，或是5个用户99美元）。用户可以从空白的画布开始，但是公司同样提供了上百种设计好的模版。其中还包括了若干个和SARS-CoV-2有关的模板。其中一个详细描绘了新冠病毒复制循环的模版是网站上使用量最高的，Aoki说。

@Nature

doi: 10.1038/d41586-020-01404-7

原文以The software that powers scientific illustration为标题发表在2020年5月8日的Technology Feature版块上

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